أنشات كلية العلوم بأسوان فى العام الجامعى75/1976 وقد كانت حتى عام 1978 فى المبنى القديم الذى يضم كليتى التربية والعلوم.
وفى العام الجامعى 87/1988 نقلت كلية العلوم إلى مبانى الجامعة الجديدة بمنطقة صحارى بأسوان وكانت حتى عام 1994 تابعة لجامعة أسيوط حتى تم إنشاء جامعة جنوب الوادى بالقرار رقم 23 لسنة 1995 ومقرها قنا.